Im PKZI befinden sich die Forschungslabore verschiedener Institute und Kliniken. Hierzu gehören (nach Stockwerk sortiert):
- die Hautklinik (AG Grabbe/Bros)
- die TARC
- das Institut für Molekulare Medizin
- die Geschäftsstelle des Forschungszentrums für Immuntherapie (FZI)
- das Institut für Immunologie
- die Core Facilities des Forschungszentrums für Immuntherapie (FZI)
- die Cell Biology Unit (CBU)
- die Klinik für Neurologie