Das Forschungszentrum für Immuntherapie (FZI) steht in enger personeller, thematischer und organisatorischer Interaktion zu CI3, TRON und CIMT. Dies betrifft die Entwicklung immunologischer Therapeutika und Diagnostika, Bereiche der Öffentlichkeitsarbeit und der Ausbildung des wissenschaftlichen Nachwuchses. Das FZI fungiert neben dem Forschungsschwerpunkt Translationale Neurowissenschaften (FTN) und dem Zentrum für Translationale Vaskuläre Biologie (CTVB) als zentrale und verbindende Säule innerhalb des Forschungszentrums für Translationale Medizin. FZI Mitglieder sind zum Teil auch in die anderen Schwerpunkte integriert und interagieren gemeinsam innerhalb verschiedener Forschungsverbünde wie z.B. dem TR 128 und CI3. Im Rahmen der Ausbildung von wissenschaftlichem Nachwuchs wird das FZI durch die Graduiertenschule Translationale Medizin mit den beiden anderen Forschungsschwerpunkten verbunden. Darüber hinaus kooperiert das FZI mit zahlreichen Institutionen und Forschungseinrichtungen innerhalb (z.B. Fachbereiche 09 und 10) aber auch außerhalb der Johannes Gutenberg-Universität Mainz (z.B. PEI, Goethe-Universität Frankfurt). Diese Zusammenarbeiten entstanden durch die gemeinsame Erarbeitung von drittmittelfinanzierten Gruppenförderungen, durch den interdisziplinären wissenschaftlichen Austausch und die Kooperation bei der Organisation und Durchführung von Kongressen.